2019年，科研不端行为查处情况：组织开展上海、广西地区34家依托单位的533个近三年结题项目资金常规检查工作，涉及金额7.5亿。完成山东地区监督检查工作，综合分析相关项目、财务信息和数据，针对存在问题整理形成工作报告，将结果反馈到依托单位，要求相关依托单位落实整改，并将整改结果反馈至自然科学基金委。完成湖南地区、广东地区定向检查工作，对存在问题的相关责任人和依托单位做出相应处理，并督促依托单位对违规人员依纪依规进行了处理，为促进资金规范使用形成必要的威慑。
经费使用监督检查中发现的常见问题：1.超范围列支。主要包括：在设备费中列支通用办公设备和用品、办公家具；在材料费中列支通用的办公用品、维修费；专家咨询费中列支论文答辩费、学生论文装订费等；会议费中列支研究生暑期培训会议费；结余经费列支课程研修班报名费。
2.预算调剂未履行审批手续。对某地区的检查发现，被抽查单位和被抽查项目中存在预算调剂未履行审批手续的分别占93.33%和29.71%，涉及总金额952.41万元。3.结题决算与账面支出不符。对某地区的检查发现，所有被抽查单位均存在结题决算与账面支出不符的问题；从项目数量看，74.24%的项目存在这个问题。4.燃料动力费列支依据不充分。一些单位简单地按照项目预算足额提取，按照固定比例计提，按照人头均摊；或按照某项目当年收到拨款占该课题组当年收到总拨款的百分比进行分摊。5. 随意调帐且依据不充分。对某地区的检查发现，10%以上的项目在项目执行周期内部因其他项目结题不合理、超支或无预算而调入科学基金项目列支；或者临近项目结题前为提高预算执行进度而随意从其他项目调入列支，总金额达913.53万元。6. 超预算列支设备费。对某地区的检查发现，66.67%的单位存在超预算列支设备费。7. 项目经费来源与支出渠道不一致。对某地区的检查发现，仍然有5%以上的单位未能做到统一管理，单独核算，专款专用。